据有关科研单位试验表明：与化肥相比，施用EM菌种及其发酵的猪粪可使土壤中速效钾提高5％，速效磷提高31.2％，全氮提高15.5％，土壤越种越肥沃，连用3－5年后，土壤生态、物理、化学性能可以彻底改良，逐步实现免耕种植，下面就是具体的使用方法介绍。
1．整地：
水田以水稻为例：南方春耕时，对有肥田草和稻草还田的田块，每亩泼洒0.5公斤EM菌种制成的1000倍稀释液沤田；没有肥田草和稻草还田的田块，每亩施50公斤EM菌种发酵堆肥。
旱地作物整地时，每亩施EM菌种堆肥50公斤(入土20公分左右)。或用500倍EM菌种稀释液均匀喷洒一遍土面。
2.增效除草：在使用除草剂时,加30%EM菌种，可成倍提高除草效果。
3.浸种：用200倍EM菌种稀释液浸种2-4小时后播种(根据种子大小、种皮硬度调整时间)；
4.移栽处理：
移苗前用500倍EM菌种稀释液泡根5分钟后定植；或用1000倍EM菌种稀释液浇根。
5.追肥：用500—1000倍EM菌种稀释液喷洒叶子正反两面或浇根,一般施用两次左右;亦可视作物长势追施发酵堆肥或发酵粪水。
6.园林果木(各种果树、茶叶、桑树、人参、中药材、花卉等)
(1) 苗圃整地时，施入EM菌种堆肥；育苗中，先用200倍EM菌种稀释液浸种，再用800倍EM菌种稀释液浇根和叶面喷施。
(2) 秋季采果(叶)后和春季芽膜萌动前，各施1次每亩50公斤EM菌种堆肥作基肥。
(3) 春芽长至1公分左右后，每隔7天对枝叶喷洒一次1000倍EM菌种防虫液，到9、10 月再喷洒1—2 次，可预防病虫害。
(4) 现蕾期和花谢末期，各喷洒一次1000 倍EM菌种稀释液，提高座果率(开花期不宜喷洒)。
(5) 稳果期、壮果期和采茶 、摘桑叶前各喷施一次500—1000倍EM菌种稀释液，有利于提高产量和品质。
(6) 每年秋天至入冬前，每隔15 天喷洒一次1000 倍EM菌种稀释液，可防止冬季落叶。
7.水果保鲜：
采果前3 天，在鲜果四周喷洒一次100倍EM菌种稀释液。如采果前没有喷洒EM菌种稀释液，可将摘下的表皮无损的鲜果用100倍EM菌种稀释液喷洒 ，晾干后装筐，用塑料膜覆盖四周，每隔一周检查一次，挑出烂果后，用500 倍EM菌种稀释液喷洒一次，再晾干装筐堆放，四周复盖。经此法处理的水果，可比传统方法延长保鲜时间1—2 倍。
8.枸杞保鲜
先将30斤水加一包食用碱精(300克)溶于水后搅拌均匀。
再将150毫升左右勾兑好的EM菌种稀释液(1：7000)倒入事先搅拌好的碱精水中即可使用。将采摘下的鲜果倒入准备好的竹筛或竹筐里，用勾兑好的稀释液泼撒或直接放入盆中浸泡后捞出倒入果栈晾晒即可。1公斤EM菌种可浸泡1.5万斤枸杞。用此法晾晒枸杞不仅省工省时，还可以达到增色保鲜、驱虫、防虫、驱蝇，降解农药残留的理想效果。此法是生产绿色无公害枸杞晾晒为理想的方法。
9.食用菌
EM菌种可以改善菌料微生物指标和理化性状 ，提高出菇率和品质 ，降低成本，大幅提高收益。
方法是将EM菌种500倍的稀释液(EM菌种1：红糖1：清水500混匀)在食用菌生产中作拌料 、发酵、催菇以及每潮菇采收后喷施，可以抑制和消灭各种杂菌，分解菌料中残留农药，降解纤维素、半纤维素、木质素，增加菌体蛋白、多种氨基酸、核酸、维生素和生理活性物质，为食用菌生长提供丰富营养，发菇率近100%，菌丝长势强且菇形大、单菇重、叶片肥厚、味道好、韧性好、耐贮运、市场竞争力强。
EM菌种研发公司拥有一支优秀的微生物技术研发团队，专业涉及分子生物学、生物化学、生物医药学等，团队人员12人，大专以上学历为10人，团队中有多人具有数年以上微生物产品开发、销售经验，研发技术及优秀项目管理经验。目前公司系列EM环境改良剂产品已成功运用于水产、畜禽、污水治理、垃圾处理等各大环保领域，以及人体健康保健领域。
