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春末夏初的河蟹养殖池中,水草开始进入快速生长期,但尚未完全形成群落,因此池塘生态稳定性主要由池中藻类决定,当藻类密度偏低时,蟹池的生态稳定性相对比较脆弱,尤其是池底淤泥较厚的池塘,如果前期用过漂白粉、漂白精、漂粉精、强氯精等消毒剂,池底的益生菌被杀灭后微生态就会被破坏,此后淤泥中的硫细菌和甲烷菌则随着气温、水温的升高而趋于活跃,其释放出的微量硫化氢和甲烷等有毒有害气体都将对河蟹造成危害,对有毒气体耐受性较弱的软壳蟹将首当其冲(免强存活的个体极易发展成水瘪子),所以在河蟹养殖过程中,清塘、降氨氮或降亚硝酸氮时都不宜使用会破坏池塘微生态的含氯消毒剂。虽然含氯消毒剂可以快速降去水中部分氨氮和亚硝酸氮,也可以氧化一部分沉积于池底的还原性物质,但消毒剂对池塘生态的破坏是非常大的,除了应急使用外,轻易不宜选用。
EM菌种使用后除了分解氨氮和亚硝酸氮外,还可以分解水中的有机质并释放出二氧化碳以增加水体的碱度,碱度的增加有利于稳定水体的pH,从而降低氨氮和亚硝酸氮的毒性,使养殖生态更加稳定可靠。需要说明的是,EM菌种使用后益生菌会在水中大量增殖,此过程不会大量消耗水中的氧气,所增殖的菌群会不断下沉至池底并进入淤泥中,数十天后淤泥将得到活化,从而可以有效的稳定底质,避免硫化氢中毒事故的发生。